Lenge før den het Flaen, het gården Almlia — etter almetrærne som ennå vokser her. Allerede i biskop Eysteins jordebok fra 1393 er den nevnt som kirkegods. Gjennom 1600-tallet ryddet brukeren Lars Larsen jordene opp igjen etter at svartedauden hadde lagt dem øde, og i 1691 delte han eiendommen i to: Almlia og Nordlia.
Det manglet ikke på dramatikk. På 1690-tallet boret husmannen Markus Johansen — «tyven fra Melby» — hull i stabburgulvet og tappet korn om nettene, før han ble tatt og hengt i Eidsvoll. I 1811 kjøpte Carsten Anker fra Eidsvoll Verk gården for hele 20 000 riksdaler — samme mann som tre år senere huset grunnlovsforsamlingen i 1814.
Navnet Flaen kom med løytnant Andreas Tandberg, medeier i Hurdal Glassverk. Rundt 1833 reiste han hovedhuset som fortsatt står, og samlet Almlia og Flaen til én stor gård. Det gamle våningshuset fra Almlia ble flyttet ned — dagens drengestue — med et arrestrom for ustyrlige glassverksarbeidere; jernstengene satt helt til 1965. På «Morojordet» drev Tandberg et brenneri som laget sprit av gårdens poteter. I dag er det jordbæråker.
Under Søberg-familien ble Flaen et samlingspunkt med landhandel, bakeri og meieri. I 1914 bygde Søberg eget kraftverk i fossen, og gården fikk elektrisk lys fem år før resten av Hurdal.
I 1937 kjøpte Arne Rognlien gården — etter at kommunen først nektet, men nølte så lenge at salget gikk gjennom av seg selv. Tre generasjoner Rognlien har siden drevet Flaen videre: jordbruk, skogbruk, Flaen Sag & Høvleri fra 1951, griser i de gamle fjøsene og jordbær på Morojordet. I 2006 ble vannkraftverket ved mølla vekket til live igjen.
